La loi de financement de la sécurité sociale pour 2001 a institué une prise en charge partielle par la CNAF de la majoration de pension de 10 % servie aux parents de trois enfants ou plus, par le régime général, les régimes alignés et le régime des exploitants agricoles. Cette prise en charge par la CNAF a été fixée à 15 % des dépenses remboursées par le FSV en 2001 au titre de cette majoration de pension.
Lors de la présentation de cette loi, il avait été prévu que ce pourcentage pourrait être majoré pour les années ultérieures par la loi de financement de la sécurité sociale (LFSS) de l'année.

La fraction prise en charge par la CNAF a ainsi été successivement portée à 30 % pour 2002 (art. 60 de la LFSS pour 2002) et à 60 % pour 2003 (art. 59 de la LFSS pour 2003). Elle était restée inchangée depuis lors, cette part de 60 % ayant été pérennisée et insérée dans l'article L. 223-2 du code de la sécurité sociale par l'article 90 de la LFSS pour 2006.
Pour 2009, l'article 105 de la LFSS pour 2009 prévoit d'achever en trois ans le transfert à la branche famille du financement des majorations de pensions pour les parents de trois enfants, conformément au document remis le 28 avril 2008 et au courrier adressé le 29 juillet 2008 par le Premier ministre aux partenaires sociaux. La fraction prise en charge par la CNAF a été portée à 70 % en 2009, puis portée à 85 % en 2010, et le sera à 100% en 2011.

Le détail des conditions de prise en charge par la CNAF de la majoration de pension est donné dans le rapport annuel d'activité du FSV.