Les comptes du FSV sont établis en droits constatés. Ils sont présentés ci-dessous pour les exercices 2008 à 2010. Les montants pour l'exercice 2008 sont des données définitives, qui sont également consultables dans le dernier rapport d'activité publié du FSV. Les montants pour 2009 et 2010 correspondent aux prévisions présentées au Conseil d'administration du FSV du 15 décembre 2009.
Après les déficits annuels qu'a connu le FSV de 2002 à 2006
(- 1,3 milliards €  en 2002, - 0,9 Mds€  en 2003, - 0,6 Mds€ en 2004,
- 2 Mds€ en 2005 et - 1,26 Mds€ en 2006), l'année 2007 avait été marquée par un retour à l'équilibre avec un léger excédent de + 0,15 Mds€. Ce redressement a été consolidé en 2008 avec un excédent annuel de + 0,812 Md€. En conséquence, le solde cumulé de l'établissement qui atteignait un montant déficitaire - 4,96 Mds€ à la fin de l'exercice 2006 a été réduit à - 4,8 Mds€ à la fin de l'exercice 2007. Fin 2008, ce déficit cumulé avait été ramené à - 3,992 Mds€.
Depuis 2003, cette situation financière négative a conduit le FSV, qui n'est pas autorisé à emprunter pour amortir sa dette cumulée, à retarder ses versements, pour des montants croissants. Ces retards ont essentiellement affecté les  régimes de base des salariés au titre des cotisations de retraite des chômeurs (CNAVTS et MSA).
Le déficit comptable cumulé du FSV au 31 décembre 2008 a été transféré à la Caisse d'amortissement de la dette sociale (CADES), avec ceux des branches maladie et vieillesse du régime général, par l'article 10 de la LFSS pour 2009. Pour le financement de cette nouvelle charge, la CADES bénéficie, à compter de 2009, d'une fraction de 0,2 point de la CSG auparavant affectée au FSV. La reprise de cette dette est intervenue par trois versements provisionnels de la CADES pour un montant total de 4 Mds€. Compte tenu d'un déficit cumulé de 3 992,3 M€, le solde de 7,7 M€ a donné lieu à régularisation dans le courant de l'année 2009. Les modalités de ces versements ont été fixées par deux décrets n° 2008-1375 du 19 décembre 2008 et n° 2009-927 du 28 juillet 2009. S'agissant du FSV, les trois versements provisionnels de la CADES ont été effectués les 23 décembre 2008 (1,3 Md€), 6 février (1,3 Md€), et 6 mars 2009 (1,4 Md€).
Compte tenu de ces dispositions, le solde prévisionnel cumulé du FSV au 31 décembre 2009 ne correspond plus qu'au seul déficit prévisionnel de l'exercice 2009, de - 3 Mds€. Le déficit prévisionnel de l'exercice 2010, serait de - 4,5 Mds€ et le solde prévisionnel cumulé du FSV au 31 décembre 2010 serait porté à - 7,5 Mds€. (source : LFSS pour 2010).